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消费者容易把鱼油和鱼肝油混淆，认为鱼油就是鱼肝油。虽然二者原料来源都是鱼类，但成分的提取部位以及对人体的保健功能，鱼油和鱼肝油的差别都很大。
鱼肝油是从鱼的肝脏提取出来，味带鱼腥味的油状液体，主要成分是维生素A和维生素D。维生素Ａ缺乏时，可导致夜盲症、眼球干燥症和角膜软化症等。维生素Ｄ缺乏时，儿童可发生佝偻病；成人特别是孕妇、乳母易发生骨软化症。
鱼油是深海鱼类脂肪的提取物，主要成分是DHA和EPA，功能主要是维系心血管系统的健康，降低人体血液中的低密度脂蛋白胆固醇，减少血液的黏稠度，有防止血管内形成粥样斑块的作用，正在发育生长的孩子不可随意服用。
两者在使用时千万不要混淆，将鱼油当作鱼肝油吃，由于剂量小，对人体的影响也比较小；如果将鱼肝油当鱼油吃，影响会比较大，因为维生素A、维生素D都属于脂溶性维生素，长期大量服用鱼肝油，会造成体内囤积过量，无法代谢而造成中毒，并引起脑压升高。